Virtual Embryo Atlas
Developmental timeline
TS1 (fertilized egg) → P56 (adult) · click a stage to load samples
TS1
E0.5
1-cell
TS2
E1
2-cell
TS3
E2
4-16 cell
TS4
E3
morula → blastocyst
TS5
E4
late blastocyst
TS6
E4.5
attaching blastocyst
1TS7
E5
egg cylinder
1TS8
E6
prestreak
1TS9
E6.5
streak
2TS10
E7
amnion
2TS11
E7.5
neural plate
5TS12
E8
neural folds
2TS13
E8.5
5-8 somites
2TS14
E9
9-12 somites
10TS15
E9.5
13-20 somites
6TS16
E10
forelimb buds
4TS17
E10.5
hindlimb buds
7TS18
E11
handplate
11TS19
E11.5
hindlimb handplate
3TS20
E12
digital rays
3TS21
E13.5
finger separation
2TS22
E14
eyelid formation
16TS23
E15
eyelids closing
6TS24
E15.5
ear pinna
5TS25
E16.5
long whiskers
2TS26
E17.5
body hair
1TS27
E18.5
pre-birth
P7
P7
postnatal day 7
P56
P56
adult (8 weeks)
E0
E2
E4
E6
E8
E10
E12
E14
E16
E18
Birth
E0E5E10E15BirthP7P56
TS17
E10.5· Hindlimb budsForelimb paddle-shaped, hindlimb appears. Branchial arches IV. Lung buds emerge.
3samples
2/3anatomy delineated
OPT · 3Optical Projection Tomography — a 3D scan of a chemically cleared embryo, captured by rotating it through 360° in a wide-field microscope. Isotropic voxels; raw bg = dark, tissue = bright. sci-RNA-seq3 · 1sci-RNA-seq3 — high-throughput single-nucleus combinatorial-indexing RNA-seq (Shendure lab). The OMG mouse prenatal time-lapse profiled 11.4M nuclei across 45 developmental bins from E8 to P0 with this protocol.
Transcriptomics data · 1
Stage-matched · not registered to atlas anatomy 
3D reference models
Histology plates · 109
Kaufman atlas, EMAPA-annotated · scroll → 
Transverse Plate 23
TS16 · TS17
Transverse4 ann Plate 23b
TS16 · TS17
Transverse1 ann Plate 23c
TS16 · TS17
Transverse Plate 23
TS16 · TS17
Transverse2 ann Plate 23e
TS16 · TS17
Transverse2 ann Plate 23f
TS16 · TS17
Transverse1 ann Plate 23g
TS16 · TS17
Transverse Plate 23
TS16 · TS17
Transverse Plate 23
TS16 · TS17
Transverse1 ann Plate 23j
TS16 · TS17
Transverse Plate 23
TS16 · TS17
Transverse4 ann Plate 23l
TS16 · TS17
Transverse2 ann Plate 23m
TS16 · TS17
Transverse3 ann Plate 23n
TS16 · TS17
Transverse7 ann Plate 23o
TS16 · TS17
Transverse15 ann Plate 23a
TS16 · TS17
Transverse9 ann Plate 23b
TS16 · TS17
Transverse8 ann Plate 23c
TS16 · TS17
Transverse6 ann Plate 23d
TS16 · TS17
Transverse7 ann Plate 23e
TS16 · TS17
Transverse4 ann Plate 23f
TS16 · TS17
Transverse6 ann Plate 23g
TS16 · TS17
Transverse4 ann Plate 23h
TS16 · TS17
Transverse9 ann Plate 23i
TS16 · TS17
Transverse11 ann Plate 23j
TS16 · TS17
Transverse6 ann Plate 23k
TS16 · TS17
Transverse12 ann Plate 23l
TS16 · TS17
Transverse28 ann Plate 23a
TS16 · TS17
Transverse13 ann Plate 23b
TS16 · TS17
Transverse8 ann Plate 23c
TS16 · TS17
Transverse10 ann Plate 23d
TS16 · TS17
Transverse8 ann Plate 23e
TS16 · TS17
Transverse4 ann Plate 23f
TS16 · TS17
Transverse6 ann Plate 23g
TS16 · TS17
Transverse10 ann Plate 23h
TS16 · TS17
Transverse13 ann Plate 23i
TS16 · TS17
Transverse8 ann Plate 23j
TS16 · TS17
Transverse9 ann Plate 23k
TS16 · TS17
Transverse10 ann Plate 23l
TS16 · TS17
Transverse28 ann Plate 23a
TS16 · TS17
Transverse9 ann Plate 23b
TS16 · TS17
Transverse4 ann Plate 23c
TS16 · TS17
Transverse4 ann Plate 23d
TS16 · TS17
Transverse3 ann Plate 23e
TS16 · TS17
Transverse3 ann Plate 23f
TS16 · TS17
Transverse4 ann Plate 23g
TS16 · TS17
Transverse2 ann Plate 23h
TS16 · TS17
Transverse2 ann Plate 23i
TS16 · TS17
Transverse2 ann Plate 23j
TS16 · TS17
Transverse3 ann Plate 23k
TS16 · TS17
Transverse Plate 23
TS16 · TS17
Transverse2 ann Plate 23m
TS16 · TS17
Transverse3 ann Plate 24a
TS17 · TS18
Transverse1 ann Plate 24b
TS17 · TS18
Transverse1 ann Plate 24c
TS17 · TS18
Transverse2 ann Plate 24d
TS17 · TS18
Transverse Plate 24
TS17 · TS18
Transverse1 ann Plate 24f
TS17 · TS18
Transverse Plate 24
TS17 · TS18
Transverse Plate 24
TS17 · TS18
Transverse2 ann Plate 24i
TS17 · TS18
Transverse Plate 24
TS17 · TS18
Transverse5 ann Plate 24k
TS17 · TS18
Transverse3 ann Plate 24l
TS17 · TS18
Transverse4 ann Plate 24m
TS17 · TS18
Transverse2 ann Plate 24n
TS17 · TS18
Transverse11 ann Plate 24o
TS17 · TS18
Transverse23 ann Plate 24a
TS17 · TS18
Transverse3 ann Plate 24b
TS17 · TS18
Transverse10 ann Plate 24c
TS17 · TS18
Transverse5 ann Plate 24d
TS17 · TS18
Transverse10 ann Plate 24e
TS17 · TS18
Transverse8 ann Plate 24f
TS17 · TS18
Transverse9 ann Plate 24g
TS17 · TS18
Transverse3 ann Plate 24h
TS17 · TS18
Transverse7 ann Plate 24i
TS17 · TS18
Transverse9 ann Plate 24j
TS17 · TS18
Transverse4 ann Plate 24k
TS17 · TS18
Transverse10 ann Plate 24l
TS17 · TS18
Transverse31 ann Plate 24a
TS17 · TS18
Transverse8 ann Plate 24b
TS17 · TS18
Transverse3 ann Plate 24c
TS17 · TS18
Transverse3 ann Plate 24d
TS17 · TS18
Transverse8 ann Plate 24e
TS17 · TS18
Transverse5 ann Plate 24f
TS17 · TS18
Transverse7 ann Plate 24g
TS17 · TS18
Transverse5 ann Plate 24h
TS17 · TS18
Transverse5 ann Plate 24i
TS17 · TS18
Transverse7 ann Plate 24j
TS17 · TS18
Transverse6 ann Plate 24k
TS17 · TS18
Transverse7 ann Plate 24l
TS17 · TS18
Transverse4 ann Plate 24m
TS17 · TS18
Transverse12 ann Plate 24n
TS17 · TS18
Transverse7 ann Plate 24o
TS17 · TS18
Transverse23 ann Plate 24a
TS17 · TS18
Transverse5 ann Plate 24b
TS17 · TS18
Transverse4 ann Plate 24c
TS17 · TS18
Transverse5 ann Plate 24d
TS17 · TS18
Transverse8 ann Plate 24e
TS17 · TS18
Transverse6 ann Plate 24f
TS17 · TS18
Transverse4 ann Plate 24g
TS17 · TS18
Transverse6 ann Plate 24h
TS17 · TS18
Transverse3 ann Plate 24i
TS17 · TS18
Transverse4 ann Plate 24j
TS17 · TS18
Transverse1 ann Plate 24k
TS17 · TS18
Transverse Plate 24
TS17 · TS18
Transverse3 ann Plate 24m
TS17 · TS18
Transverse Plate 24
TS17 · TS18
Transverse Plate 24
TS17 · TS18
scRNA-seq · Literature · Predictions — coming soon
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Forelimb buds
About Theiler staging
Karl Theiler's staging system (1972) partitions prenatal development into 28 morphologically distinct steps. Virtual Embryo aligns all imagery, anatomy, and future spatial transcriptomics data to this axis.
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